La jurisdicción de la Parroquia corresponde a todo el territorio del Conjunto Habitacional Torres de San Borja. Nuestra historia se remonta al año 1985 cuando unas religiosas Canonesas de la Cruz comienzan una catequesis de Primera Comunión. A la vez se empezó a celebrar la Santa Misa, primero en el parque Jorge Basadre, de la Manzana “B” y luego en el Parque ENACE. Mientras, en la II Etapa, se inicia una labor pastoral con jóvenes y adultos.

Al año siguiente se funda el primer Praesidium de la Legión de María. Dos años más tarde se adquiere la imagen de la Virgen Peregrina, la cual empezó a visitar las distintas manzanas del Conjunto Habitacional. Dentro del plan de desarrollo urbano de Las Torres de San Borja, el futuro templo debía estar ubicado en lo que hoy es San Juan Macías. A partir del año 1992 el territorio de las Torres de San Borja pasó a depender de la Parroquia San Juan Macías, entonces atendida por religiosos dominicos. En 1993 se construye el primer templo de esteras, clavos, alambres y carrizos y unos ambientes para albergar las reuniones de los grupos parroquiales. Al año siguiente empieza a depender de la Parroquia San Norberto

El año 1996 se realiza el primer matrimonio en la Capilla. El año siguiente se construye una Capilla con material noble que cada año se iba mejorando. También en 1997 se instituye la fiesta de la Virgen Peregrina, haciéndola coincidir con la fiesta de la Visitación de Santa María a su prima Isabel: el día 31 de mayo. A partir de entonces hasta ahora ese día se homenajea a Nuestra Señora de manera especial. El año 2000 se construye la gruta de la Virgen Peregrina, en el exterior de la Capilla.

En abril del 2014 la Cuasi Parroquia se cierra y se da inicio la construcción de la nueva Parroquia, la cual estaría dedicada a San Josemaría Escrivá de Balaguer, un santo que se caracterizó por su gran amor a María.

Las obras se realizaron desde el año 2014 hasta el año 2017. Se construyó un complejo parroquial moderno y funcional, el cual contempló un templo grande con capacidad para aproximadamente 600 personas sentadas en una nave principal y un coro. Además, se proyectaron distintas salas y aulas para las reuniones de los grupos y las actividades formativas. El complejo parroquial contaría también con un amplio Salón Parroquial, Velatorios y Columbarios, además de un estacionamiento subterráneo.

El 31 de mayo de 2016, el Arzobispo de Lima, Cardenal Juan Luis Cipriani, erige la Parroquia san Josemaría Escrivá de Balaguer, en el mismo territorio de la Cuasi Parroquia Virgen Peregrina. Unos días después, el 26 de junio, la Arquidiócesis de Lima y la Prelatura del Opus Dei suscribieron un convenio por el que la labor pastoral de la nueva parroquia sería atendida por sacerdotes incardinados en dicha Prelatura. El 14 de julio son nombrados por el Arzobispo de Lima el párroco y el vicario parroquial.

La Primera Misa se celebró el domingo 26 de marzo de 2017, presidida por el Cardenal Juan Luis Cipriani. El domingo siguiente, 2 de abril, el nuevo párroco tomó posesión de su encargo y ya para el 9 de julio se celebró la Consagración del Altar y la Dedicación del Templo. La Santa Misa fue presidida por el Arzobispo de Lima, Cardenal Juan Luis Cipriani, y concelebraron Mons. Raúl Chau, Obispo Auxiliar de Lima, Mons. Josemaría Ortega, Obispo de Juli, el P. Emilio Arizmendi, Vicario Regional del Opus Dei en el Perú, el párroco, el vicario parroquial y varios sacerdotes de la Arquidiócesis.

Con la ayuda de la gracia de Dios, desde el comienzo de esta nueva etapa hemos visto los frutos: muchas personas acercándose a los sacramentos, a la vida de piedad y al servicio al prójimo. Pedimos a la Santísima Virgen Peregrina y a San Josemaría que obtengan muchas gracias para todos los feligreses de la Parroquia y para todas las personas que se benefician de la labor pastoral que aquí se realiza.